El tamaño, el clima tropical y la geografía del archipiélago, convierte a Indonesia en el segundo país con mayor nivel de biodiversidad en el mundo (después de Brasil), y su flora y fauna es una mezcla de especies provenientes de Asia y Australasia. Una vez vinculadas con el continente asiático, las islas de Sumatra, Java, Borneo y Bali, tienen una gran variedad de fauna asiática. Grandes especies como el tigre, el rinoceronte, el orangután, el elefante y el leopardo, alguna vez fueron abundantes hasta el extremo oriental de Bali, pero el número de individuos y su distribución se han reducido drásticamente. Los bosques cubren aproximadamente el 60% del país. En Sumatra y Kalimantan, predominan las especies vegetales de Asia. Sin embargo, los bosques más pequeños y más densamente poblados de la isla de Java, han sido arrasados en gran medida debido a las actividades humanas. Durante mucho tiempo, las islas Célebes, Nusa Tenggara y Maluku, se encontraban separadas de las tierras emergidas continentales, por lo que han desarrollado su propia flora y su fauna únicas en el mundo. Papúa formaba parte de la masa de tierra australiana y es hogar de una flora y fauna estrechamente relacionada con la de Australia.