De los principales parque naturales de Malasia, dos se encuentran en la isla de Borneo, el de Gunung Mulu en el estado Sarawak y el de Kinabalu en Sabah. Ambos fueron declarados Patrimonio de la Humanidad por la Unesco en 2000.
El de Gunung Mulu alberga en sus 52.864 ha grandes cuevas y formaciones cársticas, entre las que sobresale el Gunung Mulu con 2.377 msnm, rodeadas una selva lluviosa de montaña. Contiene diecisiete zonas de vegetación y cerca de 3.500 especies de plantas vasculares. Alberga la Cámara de Sarawak, que con 600 metros de largo, 415 de ancho y 80 de altura, es la mayor cavidad subterránea conocida en todo el mundo.
El Kinablau, por su parte, fue fundado en 1964. Se encuentra en la costa oeste de Borneo y abarca una superficie protegida de 750 km², en donde se encuentra el monte Kinabalu, que con sus 4.085 msnm es el más alto entre Papúa Nueva Guinea y el Himalaya.[64] Posee una gran variedad de hábitats y dada la gran riqueza de su vegetación ha sido designado Centro de Diversidad Botánica del Asia Sudoriental.
El Parque Nacional Taman Negara se sitúa en Malasia Peninsular y se extiende en los estados de Kelantan, Terengganu y Pahang. Su territorio está habitado desde hace más de dos milenios. Fue creado en 1925 y en 1938 fue ampliado, alcanzando los 4.343 km² que tiene en la actualidad. Tras la independencia en 1957 recibió su nombre actual.